En 2002, para los alumnos de sus expatriados, la empresa Total la cual se acababa de llegar en a Bolivia, trae a dos profesores de primaria desde Francia, quienes enseñan a una decena de alumnos franceses de todas las edades con el programa CNED (Centro Nacional de Enseñanza a Distancia) en salas de clases alquiladas a otro establecimiento escolar. La empresa, que no tiene conocimiento en el campo de la educación, se pone rápidamente en contacto con otros actores, la Alianza Francesa de Santa Cruz, el colegio Franco Boliviano de La Paz y el consulado de Francia en Santa Cruz.

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Desde su inicio, Guy Coutand, Consul honorario de Francia en Santa Cruz, obra muy activa en el colegio francés a raíz del Consejo de Administración, del cual asume la presidencia. EL directorio de esta asociación sin fines de lucro está constituido por miembros voluntarios representantes de instituciones educativas y culturales diversas.

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Rápidamente, varias familias bolivianas confiaron en esta nueva estructura que se impone en el ámbito educativo de Santa Cruz, y el nombre de Ecole Française de Santa Cruz (EFSC) esta oficializado. El colegio crece rápidamente y se instala primero en la zona de Las Palmas en enero 2005 para poder beneficiarse de una estructura independiente. De una cuarentena de alumnos en 2005, pasa a un centenar en 2008, y obtiene las homologaciones de los ministerios de educación boliviano y francés para los niveles de primaria. Los pocos alumnos de secundaria siguen su escolaridad por sistema del CNED.

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Para comienzos del 2009, un poco más de 150 están escolarizados, y se vuelve evidente que la construcción de un establecimiento más grande es una necesidad. Las discusiones y negociaciones culminan en 2010, será un proyecto arquitectónico piloto y ambicioso en Bolivia, moderno  y responsable, siguiendo la línea de los valores humanistas vinculados por el sistema francés.

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En 2010 un terreno, clasificado de interés ecológico por la municipalidad, fue comprado sobre en una de las principales avenidas de la cuidad, cerca del centro y de las zonas donde viven las familias,   las construcción del nuevo establecimiento comienza en 2010 y concluye en un poco más de un año, marzo 2011.

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El terreno, particularmente frondoso, es un segmento ecológico único en plena ciudad. Los numerosos árboles están siendo conservados para asegurar la sombra, mantener la frescura, y asegurar un espacio verde agradable y propicio para observación de la naturaleza. EN el parque que sirve como patio de recreación, los alumnos están en contacto regular con la flora y una fauna característica de la región (pájaros, insectos, monos, zarigüeyas, ardillas…).

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También en el 2011, una asociación es firmada con la A.E.F.E. (Agencia para la Educacion del Francés en el Extranjero), y un acuerdo bilateral es firmado entre Francia y Bolivia gracias a la implicación de la embajada de Francia. El establecimiento obtiene el estatus de establecimiento de convenio internacional.

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El crecimiento regular continúa. En 2014 la homologación para la clase de 6to de primaria es aceptada, y de los cursos de 1er, 2ndo y 3er de secundaria dos años después, en 2016.

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Los límites de su capacidad de acogimiento son rápidamente alcanzados, y el Consejo de Administración aprueba entonces el financiamiento de un plan de crecimiento articulado alrededor de construcciones de nuevos espacios cada año: salas de clases más espaciosas, dos laboratorios dedicados a la ciencia para la entrada del 2019, una segunda entrada, etc.

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En 2018, el establecimiento cambia de nombre y obtiene el de Lycée Français de Santa Cruz, Bolivie.

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En junio 2019, la homologación de la clase de 4to de secundaria es aceptada, y en octubre de ese mismo año el colegio efectúa la propuesta de homologación para sus dos últimos cursos, 5to y 6to de secundaria. 634 alumnos están escolarizados, de los cuales 447 están en Primaria 142 en Collège (6to de primaria + 1er, 2ndo y 3er de secundaria) y 45 en Lycée (4to, 5to y 6to de secundaria).

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En junio 2020, la homologación de 5to grado de secundaria (première) y de 6to grado de secundaria (Terminale) es aceptada, terminando así la homologación de todos los niveles del establecimiento. Esta homologación nos permitirá enseñar en directo, sin el CNED. El número de alumnos en este año es de 670.

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En noviembre de 2020, el establecimiento se convierte en Centro de exámenes para los exámenes nacionales franceses Diplôme National du Brevet y Baccalauréat.

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El Consejo de Administración compuesto por representantes (de la familia del fundador: G. Coutand, de la Alianza Francesa, de la empresa TOTAL), velan activamente por el crecimiento de este establecimiento, que rápidamente se convirtió en una quincena de años en un referente, en el ámbito educativo de la ciudad, y un actor mayor en la red de la A.E.F.E. en la zona Amlasud.

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